La microbiota ruminal constituye una comunidad microbiana diversa y altamente específica en relación a sus funciones metabólicas, que son esenciales para el desarrollo, salud y nutrición del rumiante (Morgavi et al., 2010).
Los principales microorganismos del rumen se clasifican en bacterias, protozoos, arqueas metanogénicas, hongos y virus.
Se estima que en el ecosistema ruminal existen más de 2.000 especies distintas (Denget al., 2008), pertenecientes filogenéticamente a los dominios Bacteria, Archaea y Eucarya.
La mayor parte de estos microorganismos no han sido aún cultivados pero la aplicación de técnicas moleculares ha permitido estimar que, por ejemplo, las bacterias ruminales representan más de 10.000 filotipos (Yu et al., 2006).
La microbiota ruminal es dinámica y puede verse afectada por diversos factores, tales como la dieta, la especie o la edad del animal, la zona geográfica en la que se asienta una determinada explotación ganadera o la estación del año (Zhou et al., 2010).
La importancia de la composición de la microbiota ruminal viene determinada por su relación directa con alteraciones metabólicas (como acidosis) y con la eficiencia productiva del animal. Diversos trabajos desarrollados en la última década han mostrado la relación directa que existe entre la composición de la microbiota ruminal y la eficiencia productiva del rumiante.
En particular, en el ganado vacuno de leche (Ben Shabat et a., 2016) se ha demostrado que animales con una producción lechera mayor en relación a la ingestión de alimento (1,62 vs. 1,32 kg leche/kg ingesta), la población microbiana es muy distinta, lo que genera un patrón de fermentación ruminal más eficiente (mayor propionato y butirato y menos metano).
Por tanto, existe un componente genético importante que determina la composición de la microbiota. Sin embargo, con estrategias alimenticias adecuadas, se puede también modular la composición microbiana hacia una situación de mayor eficiencia.
En este capítulo nos centraremos en tres aspectos fundamentales que potencialmente pueden modular la microbiota del rumen:
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